氫能另一大應用為燃料電池，以國內產業發展來看，台灣燃料電池從原材料、燃料電池零組件到電池系統、甚至相關周邊皆有廠商可提供對應產品。氫能推動小組在此領域提出三項推動策略：
一、推動開發百kW級高功率、高電壓的氫能動力模組系統，發展氫能三電(電池、電機、電控)整合模組，建立氫能載具零組件與次系統驗證平台，並鼓勵民間企業參與其中。
二、規劃氫燃料電池大客車，並導入客運路線進行示範驗證，讓技術研發能實際進入商業市場中獲利。
三、針對國內定置型燃料電池儲能系統，政府以政策推動安裝，2022年經濟部修訂「經濟部定置型燃料電池發電系統設置補助要點」，補助公私立機構、法人及立案單位，針對在國內安裝500kW以下定置型燃料電池發電系統，每kW補助新台幣7萬元，讓補助成為增加安裝的誘因，推動燃料電池系統市場。